La principios de la acuaponia se han aplicado desde tiempos antiguos, aunque todavía existe mucho debate sobre cuando se inició esta técnica.
Los Aztecas cultivaban islas agrícolas conocidas como chinampas, y para muchas personas son la primer forma de cultivo acuaponico de la historia. Estas islas eran creadas en lagunas y aunque normalmente estaban fijadas al fondo de la laguna, también en algunas ocasiones eran dejadas de manera móvil.
Las plantas de estas islas eran alimentadas con los nutrientes disponibles en la laguna, y eran una parte importante de la nutrición de los Aztecas.
En el sur de China y en Tailandia se acostumbraba cultivar arroz en campos inundados en combinación con peces. Este es otro de los sistemas referidos como acuaponia temprana. Este tipo de sistema se extendió a muchas regiones de Asia, y se utilizaba para complementar la alimentación de las aldeas agrícolas.
En tiempos modernos, el desarrollo de la acuaponia como se practica actualmente es atribuido a los trabajos del Instituto de Nueva Alquimia (New Alchemy Institute) y al trabajo del Dr. Mark McMurtry y otros en la Universidad de Carolina del Sur.
El Dr. James Rakocy y sus colegas de la Universidad de las Islas Vírgenes inició en 1997 desarrolló el uso de camas de cultivo profundas para hidroponia utilizando un desarrollo comercial de acuaponia.
En la isla de Barbados se desarrolló una iniciativa para crear sistemas acuaponicos en las casas, como una manera de reducir la dependencia en la importación de alimentos a la isla.
Sin embargo, uno de los medios que han contribuido para difundir la acuaponia, y para poder intercambiar opiniones y experiencias ha sido la internet. Múltiples grupos de usuarios se han desarrollado de aficionados a este actividad alrededor del mundo, y se han desarrollado comunidades activas en las cuales se puede conseguir mucha información sobre la misma.
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